九江市港航管理局为隶属于九江市交通运输局的港航管理职能部门，1988年，由九江市政府批准设立，时称九江市航运管理处，2004年8月改称九江市港航管理处，2011年5月，更名为九江市港航管理局，副处级自收自支事业单位。2007年，被省交通厅评为全省交通系统先进单位；在全省港航系统民主评议政风行风工作中取得第一名。2007年、2008年，被省航运管理局评为全省港航系统两个文明建设先进单位；2008年，被省交通厅评为全省交通系统民主评议政风行风工作先进单位；2009年，被九江市评为“创建学习型组织，争做知识型职工”活动优秀单位；连续19年被江西省航运管理局评为先进单位。市港航管理处机关及都昌县港航管理所被授予第十一届省级文明单位。